در فرهنگ دهخدا و تذکره شعرای نجف آباد و بنا به عقیده علما در زمان سلاطین صفوی در حدود سال ۱۰۲۲ هجری قمری از طرف شاه عباس مقداری جواهر و پول نقد برای مقبره حضرت علی(ع) اختصاص داده و تصمیم گرفته شد که وجوه مزبور به نجف ارسال شود در این موقع مرحوم شیخ بهایی از این قضیه آگاه شد و دریافت که خروج این ذخایر برخلاف مصالح ایران است و برای جلوگیری از ارسال وجوه تدبیری اندیشید.

به حضور شاه عباس کبیر رسید و گفت دیشب در خواب حضرت علی(ع) را زیارت کردم به من فرمودند که نجف اشرف را به جواهرات شما حاجتی نیست. جواهرات را صرف ساختمان شهری در نزدیکی اصفهان به نام نجف آباد کنید. شاه را سخن شیخ بهایی مقبول افتاد و با نظارت شیخ بهایی شهر نجف آباد ساخته شد.

در راستای اهداف و برنامه های علامه فرزانه جناب شیخ بهایی ، بنیاد شهری با نقشه کامل وجامع گذاشته شد که بعدها میدانی جدید برای کار و فعالیت ساکنان آن به عنوان یک مرکز مهاجر پذیر و دارای آداب و سنن و فرهنگ خاص و تا حدودی مستقل و جدای از اصفهان سامان یافت و شکل گرفت. با برنامه ای بسیار دقیق و با احداث ۱۷ رشته قنات از ۶۰ کیلومتری نجف آباد آب شرب ساکنان و توسعه و آبادانی شهر فراهم گردید.

با فکر خلاق و ابتکار،نوآوری و مهارت و تخصص مردمان چرخه های تولید و صنعت شهر پا گرفت. اندیشه و دستان توانمند شیخ بهایی نقشه و بافت شهری را با شکل و نظام شهری امروزی و از همان ابتدا در هیات یک محل مسکونی پایه ریزی نمود.

در سال ۱۳۰۹ ساختمان شهرداری نجف اباد و تشکیل آن در محل فعلی بنیان گذاشته شد و در سال ۱۳۳۷ شمسی طبق تصویب وزارت کشور به صورت شهرستان درآمده و در آن فرمانداری احداث گردید.